В 2004 году БФЭА в числе первых пилотных ВУЗов Министерства образования и науки КР перешла на организацию учебы в рамках Болонского процесса – систему перевода и накопления кредитов и осуществляет обучение по бакалаврским программам с присвоением академической степени “Бакалавр”. В 2005 году были открыты магистерские программы по направлениям “Экономика” и “Менеджмент”. Одновременно велась подготовка специалистов по пятилетней программе обучения. С 2009г. магистерская программа была открыта по направлению “Туризм”.На всех этапах развития академии пристальное внимание уделялось качеству образования. БФЭА прошла первой среди вузов республики институциональную аккредитацию независимого аккредитационного агентства CAMEQ и получила “Золотой диплом” качества образования.

В числе пилотных ВУЗов академия в 2013 году начала подготовку специалистов высшей квалификации по программе PhD. Учебно-образовательный процесс в академии обеспечивается квалифицированным научно-педагогиче-ским составом.

За время существования БФЭА подготовила для финансовой и экономической сфер 2118 выпускников, которые сейчас успешно трудятся во всех уголках нашей страны и за рубежом.