Департамент «Фундаментальных Дисциплин» был организован в 1997 году. С момента основания, Департаментом руководили член-корреспондент НАН КР Р.О. Оморов, к.ф-м.н., профессор Талипова Л.А., к.т.н., профессор Базарбаева Т.Г., к.т.н. доц. Халманбетов Д.К. С июня 2010 года Департаментом руководит д.п.н., доцент Мамбетакунов У.Э.

В разные годы в Департаменте вели преподавательскую деятельность академик НАН КР  Живоглядов В.П., член-корр. НАН КР, д.т.н., профессор  Бримкулов У.Н., д.ф-м.н., профессор Рафатов Р.Р., д.ф-м.н, профессор Ташполотов И.Т., к.ф.-м.н. Усенканов Дж. которые внесли  свой вклад в становление департамента, создавая научные основы концепции его деятельности и развития. Они задали высокую планку профессионализма и качества.

Профессионализм сотрудников департамента подтвержден и на официальном уровне. В департаменте плодотворно работают отличники образования КР (Талипова Л.А., Долгополова И.Г., Мамбетакунов У.Э., Базарбаева Т.Г.), профессора БФЭА, доценты, доктора и кандидаты наук, старшие преподаватели.

Департамент обеспечивает учебный процесс БФЭА по более чем 30 дисциплинам: Информатика, Математика, Концепции современного естествознания, Информационные технологии, Математические методы в экономике, Финансовая математика, Электронные коммуникации, Управление качеством, Методы решения задач в бизнесе; Методы решения оптимизации задач в экономике;  Управление программами и проектами.

Очень много внимания уделяется преподаванию общеобразовательных и общепроизводственных предметов с использованием компьютеров и информационных технологий. На протяжении ряда лет студенты БФЭА изучают основы работы в программах: 1С Бухгалтерия, 1С предприятие, MS project.

В распоряжении Департамента имеются 4 компьютерных класса, в которых более 50 компьютеров, класс офисных систем, в них используются все современные средства компьютерной и офисной техники.

Локальная сеть БФЭА позволяет студентам и преподавателям иметь доступ ко всем компьютерам и в достаточной мере использовать сетевые возможности.

Студенты имеют доступ к глобальной сети Internet и ее ресурсам, изучают последние достижения в мире новых информационных технологий, создают свои программы, на основе современных CASE технологий.

Преподавательский состав прошел научные стажировки в университетах США, Великобритании, Норвегии, Италии, Российской Федерации и т.д.