Программа «Бухгалтерский учет, анализ и аудит» образовалась с сентября 2001 года. Первый выпуск студентов по специальности «Бухгалтерский учет, анализ и аудит» в БФЭА был осуществлен в 2002 году в количестве 13 человек, из них 7 закончили с отличием. В настоящее время контингент студентов по специальности «Бухгалтерский учет, анализ и аудит» по двум формам обучения составляет более 400 студентов:

Рабочие учебные планы составлены с учетом требовании, предъявляемых к профессиональным бухгалтерам и аудиторам, в соответствии с международным стандартом финансовой отчетности и аудита.

В учебном процессе используются как традиционные, так и активные методы обучения. При проведении лабораторного практикума по бухгалтерскому учету используется курс «Практикум по управлению фирмой», который разработан на базе компьютерных деловых игр серии «БИЗНЕС-КУРС». Эта программа отличается набором управленческих решении, объемом отчетно-аналитической информации, последовательно развивает навыки управления.

Для проведения практических занятии, выполнения контрольных работ и расчетных задании разработаны методические пособия по «Финансовому учету» и «Практикум по бухгалтерскому учету».

Программа «Бухгалтерский учет, анализ и аудит» является одной из ведущих программ в Академии. Главная ее задача – организация и осуществление на высоком уровне учебной, научно-методической и воспитательной работы среди студентов, проведение научных исследовании.

Студентов обучают прекрасные специалисты преданные своей профессии. В программе работают преподаватели – профессионалы, обладающие опытом как преподавательской, так и практической работы, специалисты по всем видам учета, аудиторы и заведующие кафедрой других ВУЗов.

Обучение ведется на современном уровне, с широким уровнем использования профессиональных программных продуктов и интернет – технологии.

Мы включаем в нашу программу самые актуальные знания, являющиеся «хитами» сегодняшней экономики. В помощь студентам мы разрабатываем большое количество методических пособий, указании, краткие курсы, постоянно пополняя бибилиотические фонды программы Академии научной и справочной литературой, а также иными информационными ресурсами. Преподаватели программы имеют опыт научных и практических разработок , направленных на укрепление финансового положения предприятии, совершенствовании организации и методологии бухгалтерского учета и повышения эффективности хозяйственной деятельности предприятии.

Программа  «Бухгалтерский учет, анализ и аудит» имеет тесное сотрудничество с аудиторской фирмой «Кыргыз Аудит» и ОО «Палата бухгалтеров и аудиторов». Программа «Бухгалтерский учет, анализ и аудит» ведет активную научную работу, участвуют в научно-практических конференциях региональных и межвузовских студенческих семинарах, выступая, оппонентом по защите диссертации на соискание ученой степени кандидат экономических наук по специальности 080012 «Бухгалтерский учет статистика».

С 2008 года преподаватели программы запланировали Н.И.Р. по теме «Методическое обеспечение ведения учета, составления финансовой отчетности в соответствии перехода с МСФО, где научным руководителем программы является Абдыкаиров Токтоназар Абдыкаирович.

Большое внимание на программе выделяется, привлечение студентов к участию в НИРС на весь составляется, комплексный план организации НИРС на весь период обучение по специальности. Результаты НИРС оформляются в статьях, докладах, готовятся работы для участия на внешние конкурсы.